自分とこのファイル管理状態が変則的だったせいで、おそらく最近のLogic Pro Xのアップデートでサウンドライブラリーを移動した結果SDIR（ Space Designer Impulse Response）ファイルが見つからなくなる問題が起きました。
原因はプリセットファイルのありかである（ハードリンクになっている場合も含む）、
/Library/Application Support/Logic/Plug-In Settings/Space Designer
と、それに対応するSDIRファイルのありかが分かれちゃってるせいと見られます。
/Library/Audio/Impulse Responses/Apple
/Library/Application Support/Logic/Impulse Responses
めったにそういう状態の人はいないと思うのですが、Space DesignerのプリセットやSDIRのカテゴリーが一時期変更になった際に、ファイルを散らかされたのが気に食わず人力でまとめ直した人の環境でこれが起きている可能性があります。
コンテンツの再ダウンロード等でも直らない可能性があります。
なぜなら対象となるSDIRファイル群が現バージョンでの正規コンテンツに含まれない可能性があるから。
で、調べてても結局明快な解法はなかったのだけど、App StoreにSpace Designer Manager for Logic Pro on the Mac App Storeというのがあるようで。
現バージョンでもきちんと動くのか定かじゃないため推奨しませんが、リスク犯してもいい方は挑んでみてもいいのかも。
追記
試してみたところ、AppleIDとパスワードの入力を求めるばかりで起動しようとしません。開発者のサイトからDLした場合はライセンスを求められるだけ。
現在、開発者宛てに問い合わせ中です。
追記：１ヶ月以上経ちましたが回答ありませんでした。
追記２
やり取りの挙げ句、原因がわからんとのことで、開発者サイトからダウンロードできるほうのソフトウェア用ライセンスファイルをもらいました。Apple Store経由での購入は危ないようです。
人力で修正するならば、pstファイルの中身はバイナリか何かなので手でいじるのは避けたい（この程度お茶の子さいさい（死語）って方はどうぞ）。
なので参照ファイルをちまちま直していく他なさそう。
とはいえ朗報。
pstファイルの置かれたフォルダで最初にSpace Designerで読み込まれるpstさえSDIRファイルの参照先を直してしまえば、そのフォルダの中身はすべて参照先を見直してくれるっぽいです。