エイリアスとループの実リージョン化
(1)(2)について、Logic Pro Xからかな、エイリアスのまま書き出してもMIDIがきちんと書き出されます。
特定のバージョンのLogic Pro Xではリージョン結合時にリージョン長を短くしたものが混在していた場合、そのリージョンの終わりから見切れたノートが実データとして復活してしまうことがあります。
たとえば４つ打ちのバスドラが途中でいきなり大きく聞こえる箇所が発生した場合にはその疑いがあります。
編集メニューのMIDIイベントを削除のリージョンの境界外を行なっておきましょう。
リージョン結合
トラック内に複数のリージョンがある状態でMIDIデータを書き出した場合、そのMIDIデータを開くと大量のMIDIトラックとして展開されてしまうことがあります。
たとえば１トラック内でAメロとBメロとをリージョンで分けて作ったものが、AメロとBメロとの２トラックに分かれてしまうわけですね。
結合して一本にまとめたMIDIデータとして書き出すことで確実なデータとなります。
MIDIデータとして書き出すときに行えばいいので、書き出し終わったらアンドゥして、リージョンが分かれた元の状態に戻しておくといいでしょう。
補足１
フリーのソフトウェアや業務用のソフトウェアには稀にSMFのフォーマット０か１のどちらかしか食べさせれられないときがあります。
フォーマットは環境設定で指定できます。
補足２
近年の多くのDAWはシーケンスデータの一部をMIDIデータとして書き出すことができるようになっています。あるいはSpectrasonicsのStylus RMXやFxpansionのBFDなどのように、プラグインソフトからMIDIデータをホストDAWに貼り付けられるようになっているなど、MIDIデータの出入りが自在になったぶん混乱させられる場面も多くなってきました。
Studio Oneの場合、MIDIリージョン（「イベント」と名付けられている）単体をSMFとして書き出すとテンポ情報が省かれます。このためStudio Oneから書き出したSMFを他のDAW等で読み込めないケースが発生するようです。他のDAWでも読み込めるSMFを書き出す場合にはファイルメニューを通じて書き出しましょう。
また既述の通り、他のDAWから書き出されたSMFを読み込む際に「開く」と「読み込む」では動作が異なり、多くの場合「読み込む」とテンポ情報が無視される傾向があります。CubaseのようにSMFを「開」けない代わりに「読み込」んでテンポ情報を拾うものもあるので、手持ちのDAWでの動作の癖はあらかじめ確認しておいたほうがいいでしょう。
SMFに埋め込むマーカーは全角文字を使用すると他のDAWで文字化けする可能性があるので、基本的に英語もしくはローマ字で綴るほうがよい。
補足３
補足２の関連として、スクショのようにMIDIリージョンを直接指定してSMFを書き出す際には、曲頭でないMIDIリージョンを書き出した場合、Logic Pro 9ではMIDIリージョンの開始位置が無視されてあくまで一断片として書き出されてしまいますが、Logic Pro Xでは開始位置が保たれて書き出されます。
補足４
Logic Pro Xでは特定のBPMのSMFを書き出した場合にわずか（1/500前後）にBPMが変わることがあるようです。BPM同期するソフトの中には、稀に小数点以下のBPMの曲だと同期に失敗する（本来ありえないが）ものもあるようなので、特にデフォルトだとBPMの小数点が表示されないDAWやプラグインを使用しているときは注意する必要がありそうです。